Mezi hlavní vybavení vodíkových čerpacích stanic patří:
Kompresor: Kompresory používané ve vodíkových čerpacích stanicích jsou převážně membránové kompresory a iontové kompresory. Membránové kompresory nevyžadují mazání a mohou získat vysokotlaký- vodík, který splňuje požadavky na čistotu vozidel s palivovými články, ale vyžadují chlazení vzduchem nebo kapalinou. Iontové kompresory mohou dosáhnout izotermické komprese, ale protože technologie ještě není zralá, nebyly dosud ve velkém měřítku používány.
Zásobník vodíku: Zásobníky vodíku jsou jedním ze základních zařízení čerpacích stanic na vodík a jsou obvykle skladovány ve třech úrovních tlaku: nízký tlak, střední tlak a vysoký tlak. Kapacita a tlaková úroveň zásobníků vodíku přímo ovlivňují kapacitu zásobování vodíkem čerpacích stanic na vodík.
Vodíkový tankovací stroj: Vodíkový tankovací stroj je zařízení pro realizaci služeb tankování vodíku, vybavené tlakovými čidly, teplotními čidly, měřicími zařízeními, zařízeními pro prioritní řízení těžby plynu a bezpečnostními zařízeními.
Sloupec pro vypouštění plynu: Zařízení pro příjem externího přívodu vodíku.
Potrubí: Potrubní systém pro přepravu vodíku.
Řídící systém: používá se k monitorování a řízení provozního stavu každého zařízení na vodíkové čerpací stanici.
Zařízení pro čištění dusíkem: používá se k odstranění nečistot a zbytkového plynu v potrubí během procesu doplňování paliva.
Zařízení pro sledování bezpečnosti: slouží ke sledování bezpečnostního stavu vodíkové čerpací stanice a zajištění bezpečného provozu.
